paling-paling cuma tissue WC aja yang belom digital,
buat mahasiswa yang ngambil jurusan biologi, kadang ada tugas dari dosen buat analisis DNA, terutama buat mata kuliah genetika atau biologi molekuler, makanya nih ane kasih referensi cara analisis dasar DNA buat nyari kekerabatan organisme.
ada banyak aplikasi buat analisis DNA, yang saya pake adalah CLC Sequence Viewer dari CLC workbench, kebetulan dapat yang pro gratisan dari CLC langsung
wahahaha......
hubungan kekerabatan antara beberapa jenis organisme dapat diketahui dari jenis protein yang akan disintesis organisme tersebut. Analisis DNA menggunakan perangkat lunak CLC Sequence Viewer memungkinkan kita untuk menganalisa sekuen DNA yang berupa data dengan jenis FASTA atau dengan menuliskan sekuennya secara langsung. Perangkat lunak ini dapat digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan berdasarkan sekuen DNA yang ada, menganalisa protein yang akan dibentuk, menganalisa hasil translasi dan transkripsi serta modifikasi sekuen DNA sevara virtual.
Berikut adalah langkah-langkah yang dilakukan
untuk menganalisa DNA mengunakan perangkat lunak CLC Sequence Viewer :
1.
Mendapatkan sekuen DNA yang akan
dianalisis. Sekuen DNA dapat ditelsuri dan diunduh di website
www.ncbi.nlm.nih.gov
2. Setelah semua sekuen DNA didapat,
jalankan perangkat lunak “CLC Sequence Viewer” dan pilih tombol “new”
pada menu bar untuk menambah sekuen DNA yang akan dianalisis.
3. Setelah tombol “new”
dipilih,akan muncul tab box untuk mengisi sekuen DNA beserta informasi
umum organisme sumbernya. Pilih OK kemudian akan muncul sekuen beserta pemetaan
gen pada sekuen
4. Setelah semua sekuen disisipkan
dalam proyek untuk dianalisis dapat dianalisis hubungan kekeluargaan
berdasarkan jumlah susunan gen yang sama pada semua data sekuen organisme yag
dimasukkan menggunakan pilihan “Create Alignment” pada menu “Toolbox”
hingga tampil Tab Box “Create Alignment”. Pada Tab Box ini
kita dapat memilih sekuen mana saja yang akan dianalisis kesamaannya dengan
sekuen lainnya, klik “next” untuk ilihan lainnya lalu pilih “finish”.
5.
Dengan menggunakan hasil analisis
kesamaan sekuen dapat dibuat diagram pohon kekerabatan antar organisme
tersebut. Pilih “Create Tree” pada menu “Toolbox” hinga muncul Tab
Box “Crate Tree” untuk memilih alignment yang akan ditransformasi
menjadi pohon kekerabatan, kemudian klik “next” untuk ilihan lainnya
lalu pilih “finish”.
6.
Selain analisis kesamaan dan
membuat diagram pohon, perangkat ini dapat digunakan untuk simulasi pemotongan
dengan enzim restriksi, analisis protein yang dihasilkan dan konversi dari DNA
menjadi RNA atau sebaliknya.
7.
Untuk melakukan simulasi konversi sekuen
DNA menjadi RNA atau Protein dapat
dilakukan dengan memilih menu “toolbox” kemudian memilih “Nucleotide
Analyses”
8.
Untuk melakukan simulasi pemotongan sekuen DNA
oleh enzim-enzim restrksi dapat
dilakukan dengan memilih menu “toolbox” kemudian memilih “Restiction
Sites” lalu memilih sub-pilihan “Restiction Sites Analysis”
9.
Dalam simulasi pemotongan sekuen
DNA oleh enzim restriksi kita akan memilih sekuen DNA yang akan dianalisis,
enzim yang digunakan (peggunaan enzim dapat dikombinasikan) dan jumlah titik
target tiap enzim yang dipilih.
kalo pengen tau lebih gak bisa lewat blog ea, bisa contact lewat akun facebook aye
Zie. L.
