Analisis Sekuen DNA

Zaman sekarang apa sih yang nggak pake kata digital...?
paling-paling cuma tissue WC aja yang belom digital,
buat mahasiswa yang ngambil jurusan biologi, kadang ada tugas dari dosen buat analisis DNA, terutama buat mata kuliah genetika atau biologi molekuler, makanya nih ane kasih referensi cara analisis dasar DNA buat nyari kekerabatan organisme.
ada banyak aplikasi buat analisis DNA, yang saya pake adalah  CLC Sequence Viewer dari CLC workbench, kebetulan dapat yang pro gratisan dari CLC langsung
wahahaha......

hubungan kekerabatan antara beberapa jenis organisme dapat diketahui dari jenis protein yang akan disintesis organisme tersebut. Analisis DNA menggunakan perangkat lunak CLC Sequence Viewer memungkinkan kita untuk menganalisa sekuen DNA yang berupa data dengan jenis FASTA atau dengan menuliskan sekuennya secara langsung. Perangkat lunak ini dapat digunakan untuk mengetahui hubungan kekerabatan berdasarkan sekuen DNA yang ada, menganalisa protein yang akan dibentuk, menganalisa hasil translasi dan transkripsi serta modifikasi sekuen DNA sevara virtual. 

Berikut adalah langkah-langkah yang dilakukan untuk menganalisa DNA mengunakan perangkat lunak CLC Sequence Viewer :

1.      Mendapatkan sekuen DNA yang akan dianalisis. Sekuen DNA dapat ditelsuri dan diunduh di website www.ncbi.nlm.nih.gov

2.     Setelah semua sekuen DNA didapat, jalankan perangkat lunak “CLC Sequence Viewer” dan pilih tombol “new” pada menu bar untuk menambah sekuen DNA yang akan dianalisis.

3.  Setelah tombol “new” dipilih,akan muncul tab box untuk mengisi sekuen DNA beserta informasi umum organisme sumbernya. Pilih OK kemudian akan muncul sekuen beserta pemetaan gen pada sekuen

4.  Setelah semua sekuen disisipkan dalam proyek untuk dianalisis dapat dianalisis hubungan kekeluargaan berdasarkan jumlah susunan gen yang sama pada semua data sekuen organisme yag dimasukkan menggunakan pilihan “Create Alignment” pada menu “Toolbox” hingga tampil Tab Box “Create Alignment”. Pada Tab Box ini kita dapat memilih sekuen mana saja yang akan dianalisis kesamaannya dengan sekuen lainnya, klik “next” untuk ilihan lainnya lalu pilih “finish”.

5.      Dengan menggunakan hasil analisis kesamaan sekuen dapat dibuat diagram pohon kekerabatan antar organisme tersebut. Pilih “Create Tree” pada menu “Toolbox” hinga muncul Tab Box “Crate Tree” untuk memilih alignment yang akan ditransformasi menjadi pohon kekerabatan, kemudian klik “next” untuk ilihan lainnya lalu pilih “finish”.

6.      Selain analisis kesamaan dan membuat diagram pohon, perangkat ini dapat digunakan untuk simulasi pemotongan dengan enzim restriksi, analisis protein yang dihasilkan dan konversi dari DNA menjadi RNA atau sebaliknya.

7.      Untuk melakukan simulasi konversi sekuen DNA menjadi RNA atau Protein dapat  dilakukan dengan memilih menu “toolbox” kemudian memilih “Nucleotide Analyses”

8.       Untuk melakukan simulasi pemotongan sekuen DNA oleh enzim-enzim restrksi dapat  dilakukan dengan memilih menu “toolbox” kemudian memilih “Restiction Sites” lalu memilih sub-pilihan “Restiction Sites Analysis”

9.      Dalam simulasi pemotongan sekuen DNA oleh enzim restriksi kita akan memilih sekuen DNA yang akan dianalisis, enzim yang digunakan (peggunaan enzim dapat dikombinasikan) dan jumlah titik target tiap enzim yang dipilih.

kalo pengen tau lebih gak bisa lewat blog ea, bisa contact lewat akun facebook aye

Zie. L.

Palace of Jewel

yoyy......
udah lama gak posting, kali ini gak bakal banyak posting aneh-aneh. niatnya sih mau promosi ajah hehehe.....
hari ini hari Jum'at (baru abis Jum'at-an) sengaja jumatan di mesjid agung Al-Karomah di Martapura, yah... mesjid besar yang sempat jadi lokasi acara puncak MTQ (Majelis Tilawatil Quran) Nasional.
berhubung masih males n mau nyantai dulu (besok ada seleksi tim debat Bahasa Inggris trus selasanya seleksi tahap II ON-MIPA) sengaja deh jalan-jalan ke taman di pertokoan Cahaya Bumi Selamat (CBS), sayangnya kelihatannya sepi.
Biasanya sih ada rombongan turis domestik yang ke sini, (maklum, ini kanpasar khusus perhiasaan dan permata yang luar biasa cantiknya) tapi akhir-akhir ini katanya sepi turis domestik n mancanegara.
makanya nih, aye pengen promosi lokasi ini buat masuk list jalan-jalan kalian....

pertokoan Cahaya Bumi selamat (CBS) itu komplek pertokoan yang jualannya khusus buat perhiasan (terutama permata) furniture rotan dan oleh-oleh khas kalimantan lainnya (kalo 17 Agustus berubah jadi lapangan upacara loh) lokasinya di Jl. Ahmad Yani Km. 43 di Kalimantan Selatan (JL. A. Yani kan banyak di Indonesia) trus bisa dibilang sekarng tempat ini jadi lokasi wisata dengan nilai plus tersendiri terlebih kalo cuacanya mendukung :D
selain lokasi yang dipinggir jalan raya, CBS juga sebenarnya merupakan bagian dari pasar tradisional bauntung-batuah dan asiknya bagian pasar yang paling dekat ama CBS adalah bagian "pasar Wadai" (wadai=kue) yang menjual kue-kue tradisional. trus salahsatu yang sebenarnya paling memikat hati adalah sensasi rasa Sepat "paskibra" ato yang dikenal juga dengan sepat " tentara"
sepat "Paskibra" itu sebenarnya sepat yang dikeringkan biasa, nama sepat paskibra atau sepat tentara dipake masyarakat sekitar soalnya dijual nya di bagian dimana Pasukan Pengibar Bendera baris dan memasuki lapangan upacara... (hahha alasan konyol) rasa sepatnya gurih-gurih gimanaaaa.... getoh,
sejak beberapa tahun lalu, lokasi CBS dan sekitarnya mulai dibenahi lagi oleh pemerintah, sampe-sampe Rumah sakit yang dulunya ada di samping Rumah sakit dipindah ke lokasi lain (tapi tetep dekat sih) dan sekarang lokasi yang dulunya Rumah sakit diganti jadi lapangan yang sering dipake buat jogging, maen bola, kumpul-kumpul ama keluarga dan kalo minggu pagi nih sob, bisa jadi lokasi Aerobik massal pake instruktur yang cantik,
hahahaha..... (biasanya ada nenek2 yang ikut nimbrung di baris depan mendampingi si kakek yang senam tepat di belakang instruktur (kakek ngeres...)
terus selain lapangan ada juga musholla dan WC umumnya (keduanya sih standar ya sob...) tapi keliatannya musholla ama taman kecil di samping mushola bisa dipake buat foto-foto pre-wedding deh. karena Rumah sakit yang sebelumnya berdiri di lokasi ini namanya RS Ratu Zulaikha, maka nama lapangannya sekarang adalah Alun-Alun Ratu Zulaikha.
secara keseluruhan, kalo dipadukan CBS-Alun-Alun-Masjid Al-Karomah menurutku sih nggak kalah hebat ama wisata ke candi borobudur, ato Malioboro, ato ke puncak,, malah lebih oke soalnya nggak ada pedangang yang gila-gilaan jual makanan ampe masuk ke bis turis, kalo pedagang di sini sopan-sopan bos...
. L.

Loker "Apidae"

waoww...............
ada kejutan tadi siang, tepatnya sekitar pukul 12.10 waktu setempat,
setelah kemaren ane posting soal larva "Kabuto Mushi" kali ini gW bakal posting soal si Tampan yang suka maen keroyokan,
dan dia adalah.....
Apis indica... alias lebah maduuuuu....
mereka gw sebut tampan karena emang dari sekian banyak lebah cuma ada satu yang betina,
ada banyak kehebatan dan keunikan lebah tapi mungkin gak semua bakal ane sebutin di sini,

tapi yaaa....., cekidot aja lach...

lebah yang ane liat sih cuma lebah madu yang kecil, Apis indica punya panjang tubuh jantan sekitar 1 cm dengan lebar bentang sayap sekitar 1,5 cm. Biasanya lebah betina atau "sang ratu" ukurannya lebuh besar, terutama pada bagian abdomen soalnya harus menelurkan lebah lebah pekerja.

salah satu keunikan lebah adalah mereka lahir dari telur tanpa pembuahan dari proses "mating" atau kawin. selain itu, jenis kelamin dan pangkatnya dalam koloni juga ditentukan dari makanannya saat masih fase larva. Lebah jantan atau lebah pekerja tidak pernah mendapat fasilitas VIP dan mendapat makanan nektar biasa saat masih fase larva sedangkan lebah betina yang merupakan ratu dari koloni mendapat fasilitas VIP termasuk makanan berupa royal jelly dari bunga tertentu.

jika ratu lebah mati, lebah pekerja akan menyiapkan setidaknya lima kandidat ratu saat akhir fase larva mereka akan dievauasi dan yang tidak lolos akan tersingkir dan akhirnya mati sebelum masuk fase dewasa.
begitu pula saat terjadi pindah sarang.

dalam peternakan lebah, peternak memanfaatkan keadaan ini untuk membiakkan lebih banyak lebah,
peternak akan memindah ratu untuk mendapat ratu lebah barudan sarang baru sekaligus sehingga "koleksi" lebah juga akan berlipat ganda.

sarag lebah yang tidak ssepenuhnya berisi madu, sebagian berisi telur dan larva dari tahap I, yahap II, tahap III dan pupa. Bentuk larva Tahap I, II dan III hanya berbeda pada ukurannya sedangkan pada saat pupa akan terlihat bentuk tubuh Imagodengan sayap yang masih tergulung. sarang lebah berbentuk segi enam atau heksagonal agar lebih efisien tempat, dengan ruang yang cukup dengan larva yang penampangnya bulat.

Zie. L.

my First Bodypaint Project

dah lama gak posting hehe....
selama vakum beberapa bulan ini sebenarnya aye lagi mencoba mencari siapa gw sebenernya, kembali megang pensil, melukis, bikin figure dari barang bekas, melukis pake bulu, trus nyobain melukis pasir sampai akhirnya dapat seni yang benar-benar memuaskan hasrat saya.

memulai dengan bodypainting,
Meski akhirnya tidak dapat diabadikan dengan baik dan benar, setidaknya kerja selama setengah jam saya cukup cantik. kalo gak percaya liat aja gambar gambar dibawah, semua hasil bodypaint hari ini,

 ntu kupu-kupu asli yang diawetkan, yang nangkep kemaren temen ane "MJ" bukan Mary Jane tapi Miftahul Jannah
hahaha...
thanks MJ,....
trus itu baru tangannya, kalo kepalanya ini

Gimana...? lumayan horror kan....? hahahaaaa
Zie. L.

Posting Masa Galau

Ini posting dikala galau.....
hampir tiap hari kekampus tapi gak ada yang dikerjain, hahahaaa.....
maklum, dalam masa galau menghadapi skripsi semester depan. sebenernya bukan skripsinya yang bikin galau, tapi gara-gara semester depan tinggal mata kuliah skripsi yang bisa diambil....

sebenarnya banayk ide skripsi, tapi dana skripsi yang gak ada. sudaah diputuskan, semester depan bakal ngajar biar ada duit, kalo gak kepake buat skripsia ya buat beli jaket
wahahahhahaaaa..............

jadi, saat ini lebih banyak menggambar daripada online, tapi sayangnya yang lain gak ngartos maksud gambaran ku, hahaha....
mungkin emang ditakdirkan buat sendirian....

Zie. L.

GAME ONLINE x STRATEGI x LULUS CEPET

Status saya sekarang masih mahasiswa, namun menjadi mahasiswa semester 7 yang masih belum menyelesaikan tetek bengek magang meski udah kelar kuliah tampaknya jadi beban tersendiri.
hahaha....
trus mau gimana lagi...?
ikutin alur aja, semester depan skripsi meski terseok dengan magang di akhir semester ini. pengalaman ini biarlah jadi pelajaran buat orang lain.

Ternyata gak cuma maen game yang bisa "bermain" dengan ribuan trik biar bisa menyelesaikan level dengan cepat dan nilai tertinggi. Kuliah adalah permainan yang jauh lebih menarik daripada game strategi apapun. Karena ini adalah game strategi, tiap orang mungkin punya cara dan target sendiri.
tapi gak salah kan kalo bikin penyempurnaan strategi dari yang udah pernah ato lagi main...?

kalo mau tau tips-trik-strategi kuliah yang yahud, nih, kali aja bisa jadi referensi...

1. Liat pangsa pasar dan usahakan jadi trend setter.
    gak kalah dengan usaha konveksi, gaya baju atau rambut, dunia pendidikan juga punya pangsa pasar,  dan trend. Berhubung pekerjaan adalah target akhir game ini, ada baiknya pilih dulu "Faction" yang cocok ama kamu dan pangsa pasarnya memungkinkan buat dapat kehidupan yang jauh lebih baik di masa depan. menurutku intinya adalah, jangan terlalu terpaku dengan trend. Program studi yang terlalu banyak peminatnya berarti semakin banyak pesaing selepas kuliah nanti, artinya semakin sedikit kemungkinan mendapat hadiah dari kemenangan kamu.

2. pilih dan aktiflah di "Guild" yang bisa mendukung kamu
    Dalam bermain, meski ingin mendapat kemenangan dari pertarungan untuk masa depanmu sendiri, bantuan dari pemain lain pasti diperlukan. pilih teman yang bisa jadi temen curhat, sharing, nanya, belajar, de-el-el. kekuatan yang satu ini emang paling yahud di seluruh dunia, tapi hati hatidengan yang namanya C.I.N.T.A yang satu ini bukan sekedar virus yang menginfeksi tetapi Worm yang bisa menghilangkan banyak  perlengkapan kamu buat perang.

3. jangan rencanakan terlalu cepat, tetapi jangan berlama-lama
    Seperti game strategi lainnya, pergerakan musuh dan kondisi field akan menentukan kesuksesan kamu bermain. ikuti dulu alurnya sambil meliat-liat semua kemungkinan untuk sukses baik sebagai pemain tunggalato sebagai anggota dari "guild". jangan terjebak dengan kemenangan melawan satu batalion musuh, siapa tahu masih ada sekumpulan "archer" musuh yang bersiap menyerangmu karena kamu lengah.

4. Manfaatkan skill terbaikmu
    emang gak semua orang punya otak encer, tapi gak melulu otak encer yang diperlukan dalam memenangkan "Kuliah". Kamu perlu memanfaatkan semua skill yang ada, meski itu cuma skill buat ngedit foto pake photoshop. Lewar skil tersebut mungkin kamu bisa deket ama Dosen yang mungkin bisa disamakan dengan "Oracle", kalo dah gini jalan buat melawan Bos Besar makin mulus.

5. jangan pernah kalah, jangan selalu menang
    Normalnya kuliah buat lulus jadi Sarjana S1 seseorang bakal melawan beberapa jendral musuh, ini daftar jendral yang perlu kamu menangkan dengan sangat baik meski perlu pengorbanan super.
    - IP semester pertama adalah jendral pertama yang bisa menentukan cepat tidaknya kamu menang kalo IP pertama udah payah, kamu bakal susah di jendral kedua.

    - Nilai mata kuliah dasar, yang ini sama pentingnya ama jendral pertama, kalo yang ini gak lulus, artinya 1 tahun tergadai, bahkan bisa lebih.
    - IPK sementara semester 1 dan 2, memang bukan jendral yang penting tapi kalo yang ini sukses besar, kamu bisa dapat beasiswa, hahaha....
    - Mata kuliah pilihan, jendral yang ini mungkin gak semua orang meghadapi jendral yang sama, tetapi kudu bener-bener dipilih biar ntar bisa melawan Boss Besar yang sesuai kemampuan yang kamu koleksi
    - Magang dan KKN, keduanya bisa dibilang jenderal yang cukup kuat soalnya yang ini bener-bener menguji fisik dan mental kamu, (#penulis sendiri sempat 2 kali hampir tewas waktu KKN....) nah, itu tuh jendral yang harus bisa kamu menangkan, meskipun begitu bonus Quest buat dapat sertifikat  juga penting (meski gak harus menang)

6. get ready, kesemapatan buat bertemu Boss Besar bisa datang kapan aja,
    Skripsi adalah Boss Besar yang kudu dikalahin biar bisa menyelesaikan game ini, yang ini sih belum ngalamin tapi asal tau aja, ide buat skripsi bisa datang kapanpun dimanapun.
pokoknya get readyu aja deh buat yang satu ini...

Good Luck eaaa.....

Zie. L.